概念与作用
生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。生物有机肥的作用（功能）主要有以下五点：
1、改良土壤，提高土壤保水保肥能力；
2、促进植物生长作用；
3、提高植物防病抗病能力；
4、提高肥料利用率；
5、土壤修复、降解农药等功能。
与其他类型肥料的对比
与化肥相比，生物有机肥的营养元素更为齐全，长期使用可有效改良土壤，调控土壤及根际微生态平衡，提高作物抗病虫能力，提高产品质量；与农家肥、精制有机肥相比，生物有机肥的根本优势在于：生物有机肥中的功能菌对提高土壤肥力、促进作物生长具有特定功效，而农家肥、精制有机肥属自然发酵生成，不具备优势功能菌的特效；与微生物菌剂相比，生物有机肥包含功能菌和有机质，有机质除了能改良土壤，其本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后功能菌容易定殖并发挥作用；而生物菌肥只含有功能菌，且其中的功能菌可能不适合有的土壤环境，无法存活或发挥作用。另一方面，生物有机肥比生物菌肥价格更为便宜。
生物有机肥对实现资源节约型、环境友好型社会具有重要意义，是实现农业可持续发展的必然选择。
市场上对于生物菌肥的认识仍然不够，存在以下几点误解：
1、生物有机肥肥效越快越好？
生物有机肥能改良土壤环境，降解土壤污染，从根源上解决土壤长期板结、肥力下降、土壤污染导致作物生长不良、各种土传病害浸染的问题。但生物有机肥中有益微生物发挥效力需要一定的环境条件，选择正确的方法，合适的时间、用量，避免不合理的混用，生物有机肥的效果才能发挥到好！国内很多研究机构多年的定位试验表明，真正的40%的有机质，0.2亿/克的有益菌的生物有机肥，在果树上坚持连续施用2-3年，土壤的改良效果才能达到显著水平，对作物的增产提质作用才能显现出明显效果。有机质含量、有益菌活性高的生物有机肥，其效果也至少需要1年。市面上吹嘘的水溶、7天见效的“生物有机肥”基本上可以断定不是真正的生物有机肥。
2、生物有机肥功能菌种类越多越好？
生物有机肥中添加的功能菌主要有枯草芽孢杆菌、多粘类芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、甲基营养型芽孢杆菌、干酪乳杆菌、里氏木霉等几十个种类，合理的复合能够起到相互促进、相互补充、相互协同，抗土传病害效果远远大于单一菌种，使作物达到高产丰产的效果。但是，过多种类的复合，必然会引起各种菌之间对生存空间、营养的竞争，大部分的营养物质、能量用于种群之间的竞争生存，并不能发挥其应有的促长、固氮、解磷解钾的作用。有机肥厂家建议，生物有机肥添加微生物种类不宜超过3种。
3、生物有机肥菌含量越高越好？
目前市场上生物有机肥有益菌含量动辄10亿/克、20亿/克……农民也大多认为菌含量越高越好。我们暂且不说这些厂家标准的真实性，假使它真的含20亿/克的菌，这个有机肥就是好的吗？菌的数量过高带来两个问题：一是成本增加；二是过高微生物给农作物带来的不良后果，比如抑制生长。况且，这么高的菌含量中，真正起作用的功能菌有多少？
4、生物有机肥可完全取代化肥、有机肥？
生物有机肥可以释放土壤中营养元素，提升土壤肥力，大大减少化肥和有机肥的施用量，但并不能完全代替化肥、有机肥，它的肥力是有限的，还需化肥和有机肥来补充。三者结合，才能取得更好的效果。
5、生物有机肥不能同化肥一起用？
生物有机肥可以和化肥一起用，但是混用，在空间上分开为好。化肥中的某些元素在土壤中很容易被固定，生物有机肥中的有效活菌可活化这一部分元素，促进植物的吸收。另外，高浓度的水溶性化肥对生物有机肥中的活菌是有溶解作用的，一定要注意分开施用。
6、生物有机肥可完全替代农药？
生物有机肥可以改善土壤环境，提高作物抗逆性，对土传病害可以起到预防作用，保持作物健康状态。但是治病效果有限，对于已经得病的作物还是要使用农药治疗。